Nachdem seine Mutter bei einem Luftangriff im zweiten Weltkrieg umgekommen ist, muss der elfjährige Mahito Tokio verlassen. Er zieht zu seinem Vater und dessen neuer Frau in ein altes Herrenhaus, das sich auf einem riesigen Landgut befindet. Isoliert von der Welt, beginnt Mahito, die verzauberten Landschaften, die sein neues Zuhause umgeben, zu erforschen und begegnet einem mysteriösen Graureiher, der hartnäckig an seiner Seite bleibt. Nach und nach wird der Reiher zu seinem Führer und hilft ihm, die Welt um ihn herum besser zu verstehen und die Geheimnisse des Lebens zu lüften.
Er wagt sich in eine geheimnisvolle Welt, die von den Lebenden und den Toten geteilt wird. Dort findet der Tod ein Ende und das Leben einen neuen Anfang.
DER JUNGE UND DER REIHER ist eine halb-autobiografische Fantasie über Leben, Tod und Schöpfung und nicht zuletzt eine Hommage an die Freundschaft, von Altmeister und OSCAR-Gewinner Hayao Miyazaki (»Chihiros Reise ins Zauberland«).